Covid-19 : qu’attend-on des nouvelles variantes XD, XE et XF ?

Nous allons faire le point, à la lumière de l’évolution, sur l’apparition et le développement de nouvelles souches virales, en focalisant notre attention sur le virus Sars-Cov-2 avec lequel nous vivons depuis maintenant deux ans.

Les virus à ARN peuvent être exceptionnellement mutables

L’évolution est animée par deux moteurs : la variation génétique et la sélection naturelle. La variation génétique est causée par des erreurs dans la réplication du matériel génétique. Ces erreurs sont étonnamment rares, compte tenu de la quantité de matériel génétique qui est répliqué à chaque génération et de la vitesse du processus. Cependant, le nombre énorme de micro-organismes ou de virus qui se répliquent constamment en fait une occurrence rare. Ainsi les mutations s’accumulent dans la population.

La réplication du matériel génétique est plus précise dans les organismes et les structures qui utilisent l’acide désoxyribonucléique (ADN) comme support d’information car la machinerie qui la réalise (les ADN polymérases) peut avoir des mécanismes de correction d’erreurs.

Cependant, lorsque le matériel génétique est de l’acide ribonucléique (ARN), la machinerie de réplication est plus imprécise et les erreurs sont plus fréquentes. Par conséquent, les virus à ARN sont plus sujets aux mutations que les virus à ADN ou les bactéries et autres organismes cellulaires.

Il existe des virus à ARN exceptionnellement mutables qui forment des ensembles de populations différentes au sein d’une même personne infectée. C’est ce qui se passe, par exemple, avec le virus de l’ hépatite C. Avec cela, le concept de « quasi -espèces » est appliqué pour expliquer la coexistence d’un grand nombre de variantes du virus qui ne se déplacent pas mutuellement.

Le coronavirus a la faculté de s’adapter à différents environnements

La sélection naturelle, d’autre part, est le processus par lequel certains organismes ont un plus grand succès reproducteur que d’autres dans un environnement donné et peuvent déplacer des concurrents en devenant prédominants ou exclusifs.

Comme il est facile de le comprendre, les mutations qui permettent un plus grand succès de reproduction dans un environnement auront tendance à devenir plus fréquentes dans la population et les organismes qui les possèdent seront mieux adaptés à cet environnement. En réalité, ce qui se passe, c’est que les variantes les plus performantes sur le plan de la reproduction prévalent et si une variante peut coloniser un nouvel environnement, elle le fera et y prévaudra, au moins temporairement.

Les coronavirus sont de petits virus à ARN à forte variabilité. Cela leur permet, en tant que groupe, de s’adapter à différents environnements (infecter différents types d’animaux) et de générer constamment de nouvelles variantes dont l’abondance relative dépendra de leur succès reproducteur.

Ainsi, depuis que le coronavirus SARS-CoV-2 a infecté les premiers humains à Wuhan, à l’origine de la pandémie, de nouvelles variantes du virus émergent constamment. Sa prévalence à la hausse et à la baisse a été constante, tout comme les vagues dans la mer.

Ces variants sont catalogués dans des lignées qui forment des généalogies détaillées , ce qui permet un suivi épidémiologique rigoureux de la pandémie, tout comme il se fait pour d’autres comme la grippe ou le sida .

À ce jour, on estime qu’il y a eu près de 500 millions de cas de coronavirus dans le monde avec plus de six millions de décès. Compte tenu des millions de particules virales produites au sein de chaque personne infectée et de la fréquence des mutations, l’apparition de nouvelles variantes du virus est un phénomène inévitable qui restera constant dans le futur.

L’arrivée d’une nouvelle série de variantes

Récemment, il a été question d’une nouvelle série de variantes du Sars-Cov-2 dont le nom commence par la lettre X : XA à XS. Ces variants sont des recombinants d’autres souches déjà décrites ci-dessus.

Leur origine n’est pas celle que j’ai décrite dans les paragraphes précédents, mais ils se sont formés au cours de la co-infection d’une même cellule par deux coronavirus de souches différentes. Lors de la réplication des deux virus dans la même cellule, leur matériel génétique peut être combiné, donnant naissance à un nouveau virus qui combine les caractéristiques des deux parents. Si ce nouveau virus réussit mieux à se reproduire que les autres présents dans la population, il dominera et deviendra répandu.

Les nouvelles souches recombinantes qui ont suscité l’ intérêt de la société sont appelées XD, XE et XF et ont été détectées principalement en France, au Danemark et au Royaume-Uni.

Tous trois comprennent du matériel de la souche BA.1 (ómicron) et, dans le cas des variants XD et XF, du variant delta. Étant donné que ces variants ont été détectés avec une certaine abondance dans les pays mentionnés, on s’attend à ce que leur prévalence augmente puisqu’ils ont un succès reproducteur suffisant pour se démarquer.

Les données disponibles suggèrent que ces variantes pourraient être plus transmissibles que les précédentes, mais il n’y a pas de données significatives indiquant qu’elles seront plus virulentes que celles que nous connaissons.

La recombinaison des génomes viraux est un processus qui nécessite une co-infection et la formation d’une nouvelle molécule recombinante réussie. Le processus se produit parce que le nombre élevé de virus et d’infections fait qu’il est peu fréquent qu’il se reproduise. La formation de nouveaux virus par ce système est à l’origine de souches pandémiques de grippe qui apparaissent avec une récurrence comprise entre 20 et 30 ans suite au mélange de virus grippaux d’origines différentes.

Le processus est favorisé dans le cas du virus de la grippe en ayant son génome (également ARN) divisé en plusieurs molécules. Dans le cas du coronavirus, le processus doit être moins fréquent car son génome est organisé en une seule molécule et la recombinaison est nécessaire et pas seulement les erreurs d’encapsidation qui donnent lieu aux mélanges de génomes dans le virus de la grippe.

Et c’est la situation actuelle : de nouvelles variantes apparaissent qui entrent dans le système de surveillance des épidémies dont disposent les centres de contrôle des maladies infectieuses européens ( ECDC ) et nord-américains ( CDC ).

L’ECDC distingue trois niveaux pour organiser l’intensité progressive de la surveillance des nouveaux variants viraux : variants sous surveillance (XD et omicron BA.3), variants d’intérêt (souches ómicron BA.4 et BA.5) et variants préoccupants (le delta variant et les souches BA.1 et BA.2 omicron). Les variantes XE et XF n’ont pas encore atteint le niveau de pertinence pour être classées comme variantes sous surveillance.

De son côté, l’ Organisation mondiale de la santé n’inclut également que la variante XD parmi celles classées en suivi.

Quel sera l’effet futur de ces nouvelles variantes sur la population et sur l’évolution de l’épidémie, c’est quelque chose que nous ne pouvons pas savoir exactement car l’évolution est une combinaison de hasard et de nécessité ; mais nous pouvons avoir des attentes basées sur ce que nous savons de l’évolution et des épidémies passées.

Ce qu’on attend de cette variante

On peut définir la virulence d’un agent pathogène comme le nombre de cas graves ou très graves par rapport au nombre total de personnes infectées. Avec les précautions nécessaires, en général la virulence des pathogènes tend à diminuer avec le temps de coexistence avec l’hôte.

Cela peut s’expliquer par le fait que le succès reproducteur d’un agent pathogène est d’autant plus grand qu’il cause moins de dommages à l’hôte et, par conséquent, plus il peut transmettre l’agent pathogène. Un chien mort ne transmet pas la rage. Pour cette raison, les variantes moins virulentes ont tendance à mieux se propager que d’autres qui limitent ou éliminent la mobilité de l’animal ou de la personne malade et, avec le temps, ont tendance à prévaloir dans la communauté.

D’autre part, le système immunitaire apprend à faire face à ce virus en contrôlant sa multiplication et en modulant la réponse (qui dans le cas d’une infection à coronavirus est essentielle pour aggraver la maladie).

Par conséquent, et pour conclure, il faut s’attendre à ce que de nouvelles variantes du coronavirus continuent d’émerger dont la prévalence les fait sauter vers la presse et la surveillance particulière des organisations internationales. Mais on peut raisonnablement s’attendre à ce que ces nouvelles variantes aient tendance à être moins virulentes. De cette façon, les vagues successives de la pandémie devraient être plus fluides et la réponse hospitalière, le cas échéant, ne serait pas significativement affectée.

Antonio G. Pisabarro

Professeur de microbiologie, Département des sciences de la santé, Institut de recherche multidisciplinaire en biologie appliquée, Université publique de Navarre

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