Brésil : identification d’une nouvelle forme génétique du VIH

Une nouvelle forme génétique du VIH a été identifiée circulant au Brésil par une équipe composée de chercheurs de l’Université fédérale de Bahia, de la Fondation Oswaldo Cruz et de l’Université du Cap.

Cette variante virale a été identifiée dans des échantillons obtenus auprès de trois personnes vivant avec le VIH dans les États de Bahia, Rio de Janeiro et Rio Grande do Sul, entre 2007 et 2019, et a été classée CRF146_BC. Il s’agit d’une souche recombinante du virus, issue de la combinaison de deux ou plusieurs sous-types de VIH.

Le VIH a comme l’une de ses caractéristiques les plus frappantes la grande variabilité génétique, étant classé en types, groupes, sous-types et formes recombinantes qui peuvent être uniques (URF, de l’anglais Unique Recombinant Form), lorsqu’elles sont trouvées chez un seul individu et circulant (CRF , de l’anglais Circulant Recombinant Form) lorsqu’ils commencent à circuler dans la population.

Dans ce dernier cas, les CRF sont identifiés à l’aide d’un code comprenant le numéro d’ordre et les sous-types des virus de la mosaïque parentale (par exemple CRF146_BC). À ce jour, 157 CRF présentant des profils génétiques distincts ont été identifiés dans le monde .

La fréquence des variantes virales varie selon chaque région géographique et à l’échelle mondiale, le sous-type C prédomine dans le monde, avec près de 50 % de toutes les infections, suivi du sous-type B avec environ 12 % des cas. Dans ce scénario, il a été estimé que les virus recombinants représentent environ 23 % des infections mondiales, dont 17 % sont causées par les CRF et 6 % par les URF. (Référence DOI : 10.1016/S1473-3099(18)30647-9). Au Brésil, le sous-type B est la forme prédominante (67 %), mais des formes telles que les sous-types C (14 %), F (10 %) et recombinantes sont fréquemment identifiées.

L’étude coordonnée par moi à l’Université fédérale de Bahia (UFBA) identifie la deuxième forme recombinante circulante (CRF) des sous-types B et C au Brésil. Le premier, avec une structure génétique distincte, a été identifié en 2006. Bien qu’il ait été identifié maintenant, CRF146_BC a été identifié dans des échantillons collectés entre 2007 et 2019.

L’étude a montré que les virus isolés chez ces quatre individus descendent du même ancêtre, ce qui indique que cette variante du VIH-1 circulait déjà dans le pays depuis cette époque et s’était propagée à différentes régions du Brésil.

Les virus recombinants apparaissent lorsqu’une cellule est infectée simultanément par deux sous-types différents du VIH-1. Ainsi, ainsi que les données d’autres études sur l’épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Brésil, qui ont identifié différentes formes recombinantes uniques et circulantes parmi les sous-types les plus répandus dans le pays (B, F et C), ces résultats indiquent que les cas de double l’infection ou la réinfection doit se produire avec une certaine fréquence.

Ce taux élevé de recombinaison amplifie la variabilité génétique du virus et peut servir d’avertissement, soulignant la nécessité de mesures de surveillance, de suivi et de contrôle, telles que des programmes de prévention. Une nouvelle infection chez une personne vivant avec le VIH-1 peut avoir un impact sur le traitement, car le virus peut présenter des mutations associées à une résistance aux médicaments antirétroviraux.

En outre, les nouveaux variants du virus pourraient accumuler des caractéristiques génétiques favorisant la transmissibilité, l’impact sur la charge virale, la progression vers le SIDA et l’acquisition plus rapide de mutations de résistance, même si des études sont encore nécessaires pour confirmer ces impacts possibles.

De plus, l’augmentation de la diversité virale constitue un défi pour le développement d’un vaccin universel et efficace, car il doit être capable de prévenir l’infection par un large éventail de sous-types et de formes recombinantes.

Par conséquent, les études sur l’épidémiologie moléculaire du VIH-1, qui permettent d’identifier les modèles génétiques du virus et l’émergence de nouveaux variants, sont importantes pour surveiller l’épidémie de VIH/SIDA.

Dans une recherche menée à l’UFBA, en partenariat avec la Fondation Oswaldo Cruz et l’Université du Cap, une variante avec un génome recombinant impliquant les sous-types B et C a été trouvée parmi des personnes vivant avec le VIH suivies à l’hôpital universitaire Professeur Edgard Santos (HUPES).

À partir de là, les séquences génomiques de ce virus ont été comparées à des séquences recombinantes possédant également les mêmes sous-types parentaux (B et C), disponibles dans les bases de données publiques. Parmi les séquences évaluées dans le monde entier, de nombreux modèles distincts de recombinaison ont été observés, mais le fait que deux autres échantillons de Rio de Janeiro et de Rio Grande do Sul présentaient le même modèle génétique et la même origine évolutive a attiré l’attention.

Ces résultats ont permis la classification du CRF146. Il est important de souligner qu’on ne sait pas encore s’il peut présenter des avantages adaptatifs ou réplicatifs, ou des différences concernant l’efficacité du traitement. Pour évaluer ces caractéristiques, de nouvelles études impliquant la surveillance des patients et des tests cellulaires pourraient contribuer.

Il convient toutefois de noter que le nouveau variant partage avec d’autres souches BC trouvées dans le monde, notamment en Chine , le fait que la majeure partie de la structure génomique est formée de séquences du sous-type C avec seulement de petites insertions du sous-type B. Par conséquent, il peut Il peut y avoir une pression sélective pour maintenir le sous-type C, ce qui peut indiquer des avantages adaptatifs pour le virus.

Joana Paixão Monteiro Cunha

Professeur agrégé, Université fédérale de Bahia (UFBA)